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探“云”指南 | STRING蛋白互作一鍵化分析

創新多組學技術服務
2023.7.18

功能介紹

STRING（Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins）數據庫是目前使用最廣泛、信息最全面的蛋白互作網絡分析工具，既包含了已有報道的蛋白質互作數據，也包含了基于預測的蛋白質互作信息。文章中一般以PPI（ProteinProtein Interaction）互作網絡圖進行展示，可以直觀的展示蛋白間的相互關聯，并進一步幫助我們尋找其中的關鍵節點。

本工具關聯STRING數據庫，對基因繪制Protein-Protein互作網絡圖。

數據準備

01

基因列表文件

基因列表文件中列名為 gene_id(基因/蛋白) 。

圖1 | 基因列表文件格式示例

02

差異基因列表文件

差異基因列表若含有"Regulation"列, 需包含"FoldChange"列，注意列名的首字母大寫。

圖2 | 差異基因列表文件

作圖步驟

小工具跳轉鏈接：

https://cloud.oebiotech.cn/task/detail/string_ppi/

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