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GTDB 數據庫 | 微生物分類利器！分類信息更準確、更細致、更全面！

創新多組學技術服務

2023.6.02

“分類”一直是微生物研究領域中的一個重要問題。GTDB（Genome Taxonomy Database）數據庫是一個基于基因組的微生物分類數據庫，包括了細菌和古菌的數據。相比傳統的 16S rRNA 基因分類方法，GTDB 使用全基因組序列來構建分類樹，能夠提供更準確、更細致、更全面的分類信息。接下來我們一起了解一下這個數據庫吧。

GTDB 的基因組是哪里來的？

GTDB 又稱作基因組分類數據庫，旨在建立基于基因組系統發育的標準微生物分類法。數據庫中的基因組主要來自于 RefSeq 和 GenBank，此外還包括了從宏基因組和單細胞中獲得的未培養微生物的基因組草圖。庫中所有基因組都使用 CheckM 進行了污染控制，并基于 MIMAG 對基因組的完整性進行了控制。

GTDB 數據庫對基因組質量的控制：完整性-5倍污染>50及特殊基因組。上圖展示基因組質量分布情況。

GTDB 的分類注釋方法是什么？

GTDB 主要使用兩種方法對微生物進行分類注釋，一種是是基于 ANI（Average Nucleotide Identity），另一種是基于基因組系統發育樹。

（1）基于 ANI 的分類注釋：計算微生物基因組之間的平均核苷酸相似性，基于這個相似性比對的結果，GTDB 對基因組進行聚類，并對聚類結果進行分類，分類水平從綱到種。在這種方法下，GTDB 將 ANI值在 95% 以上定義為種；

（2）基于基因組樹的分類注釋：GTDB 對微生物基因組進行多序列比對，使用 120 個單拷貝標記蛋白及核糖體 RNA 基因等構建基因組樹。通過比較該基因組樹和已知的參考物種，GTDB 能夠推斷出該微生物的分類地位。

GTDB 最新版本有什么特性？

GTDB 于今年 4 月 28 日釋放了最新版（Version 08-RS214，對應 RefSeq 的214 版本），包括 402,709 ?個基因組和 85,205 個物種（簇）。相比較上一版本（Version 07-RS207），基因組增加了 26.82%，物種（簇）增加了 29.68%。

GTDB 數據庫中基因組有三個來源：純培養組裝、宏基因組組裝、單細胞組裝。上圖展示各分類水平下三種基因組的比例

2bRAD-M?產品數據庫與 GTDB 什么關系？

2bRAD-M?是青島歐易生物科技有限公司推出的一款微生物檢測產品，具有高靈敏度特性，可輕松應對低生物量、嚴重降解、高宿主污染等樣本，并可一次實現細菌、古菌和真菌的檢測及定量。如此一箭“三”雕，自然少不了數據庫的加持，其中細菌和古菌的信息即來源于 GTDB，而真菌的信息則來源于 ?Ensemble。

近日，2bRAD-M?數據庫隨 GTDB 及 Ensemble 做了同步更新，可鑒定物種的數量有了進一步提升，有興趣的老師歡迎聯系當地銷售咨詢。

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