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蛋白質組學新勢力| 吉凱2022版蛋白質組學分析報告重磅發布，打造行業高標準生信分析！

吉凱基因

2022.9.28

曾經科學界認為，只要繪制出了人類基因組序列圖，就能了解疾病的根源，但是卻發現基因組并不如預期那樣能夠揭示人類生、老、病、死的全部秘密，如何解讀這本“天書”成為一大難題。如中國科學院賀福初院士所說“生在基因組，命在蛋白組”，基因組序列只是提供了一維遺傳信息，而更復雜的多維信息發生在蛋白質組層面，因此想要解密基因組，必須先系統認識蛋白質組。

隨著質譜技術的不斷的發展，蛋白質組學向“測得更準、更深、更快和更穩”快速邁進，使得大規模的蛋白質組學研究可以更容易展開，以蛋白質組學為核心的精準醫學也日益成熟。2014年，賀福初院士領導啟動“中國人類蛋白質組計劃”(CNHPP)，并取得了一列代表性研究成果，如2018年彌漫型胃癌的蛋白質組分型、2019年早期肝癌蛋白質組分型、2020年肺腺癌的蛋白質組分型以及2022年肝內膽管癌的蛋白質組分型等。這些高水平的研究與實踐表明，基于蛋白質組學不僅可以對腫瘤進行精準分型，還可以找到亞型特異的治療靶點，發現/研發新的治療藥物。蛋白質組學驅動的精準醫學新時代的開啟，有望產生更多百億級潛在市場價值的生物標志物、診斷試劑和治療藥物。

吉凱基因一直致力于提供專業的蛋白質組學服務，基于蛋白質組學數據挖掘需求以及高水平文章的生信分析內容，本次我們對蛋白質組分析報告進行了新一輪升級！新版報告（B套系）提供三套差異篩選標準的分析結果和25項標準分析，遠超行業常規交付標準！自2022年9月26日起進入生信分析的正價合同（項目進展可查看吉凱推送的項目進展郵件）和新簽的正價合同，即可自動升級為B套系，加量不加價！跟著小編一起來看看B套系有哪些亮點吧。

三大

｜核心看點

TOP級期刊生信分析：遠超行業常規交付標準，生信美圖已協助多位客戶發表高水平研究成果

吉凱基因提供的生信美圖可滿足高水平期刊發文要求，已協助多位客戶發表高水平研究。此次B套系新增了多項分析內容，累計提供多達25項標準分析內容，遠超行業常規交付標準。

藍色底紋條目為吉凱差異化服務內容

提供數據挖掘服務及后續研究投稿建議：讓科研更省心、更省力、更高效

針對這些研究者關心的數據挖掘、后續研究&論文寫作思路以及投稿期刊等問題，吉凱基因在報告中提供了《關鍵蛋白質候選列表》、后續研究思路及投稿期刊建議等內容，可供參考。

全新的報告設計：多重交互式體驗的網頁版報告

B套系蛋白質組學報告采用了全新的網頁版設計，界面干凈、整潔。右側目錄欄顯示了報告的主體內容，

干凈整潔的報告界面

新版報告還內嵌了多重交互式體驗，比如增加浮動顯示窗，隱藏或展開分析結果，

交互式的報告設計

七大

｜特色分析

多種樣本平行性及質量評價維度：從源頭上把控數據質量，以提高分析結論的可靠性、可重復性

從樣品到數據獲得過程中的每一個環節都會對數據質量產生影響，而數據質量又會直接影響后續生信分析的結果。為了從源頭上保證數據的準確性、可靠性，吉凱基因嚴格把控每一個實驗步驟，從根本上確保了高質量數據的產出。

除此之外，在進入生信分析前，吉凱基因提供數據缺失值檢查、相關性分析、PCA分析、聚類樹和RSD分析等五種統計分析方法來檢驗、評估各組樣本的平行性和定量好壞，從源頭上剔除過濾掉低質量樣本，把控數據整體質量，以提高分析結論的可靠性、可重復性！

數據缺失值熱圖

相關性熱圖

PCA分析

聚類樹

RSD分析

三套差異篩選標準：讓每套數據找到最適合的標準

不同于業內常規的一套差異篩選標準，吉凱基因提供三套差異篩選標準及3套標準下的差異結果一覽表，以便研究者對比不同標準下的分析結果，選擇最適合本套數據的差異標準。更為重要的事，吉凱基因一次性交付的是3套差異篩選標準下的分析報告，所以研究者可直接挑選最適標準下的分析結果進行閱讀，從而無需將寶貴的科研時間浪費在數據返修上。

3套差異篩選結果一覽表（示例）

提供關鍵蛋白質候選列表：讓臨床科研更輕松、高效

蛋白質組學研究的一個主要內容即為尋找和篩選實驗組和對照組之間差異的蛋白質。為了幫助研究者盡快鎖定關鍵的差異蛋白質，吉凱基因基于對大量蛋白質組學文獻中的候選蛋白挑選思路的整理，提供excel表形式的《關鍵蛋白質候選列表》供研究者參考。

關鍵蛋白質候選列表（表頭示例）

多種GO/KEGG富集分析方法：多角度分析，讓“爛”的數據也能挖出結果

不同于業內傳統單一的富集分析方法及單調的可視化呈現方式，吉凱基因除了提供傳統富集分析（基于差異蛋白質分析）外，還將提供GSEA分析（不依賴于差異蛋白質，用所有蛋白質分析），極大的提高了行業交付標準！

1. 基于差異蛋白質的傳統富集分析方法（Fisher’s Exact Test）

不同于業內1~2種GO/KEGG富集分析結果呈現方式，吉凱基因提供四種可視化方案供研究者選擇。

圈圖

柱狀圖

氣泡圖

蝴蝶圖

2. 不依賴于差異蛋白質的GO/KEGG富集分析（GSEA分析）

此次升級吉凱基因將GSEA分析作為標準分析提供廣大用戶，并提供兩種可視化方案供研究者選擇！

富集得分曲線圖

富集統計氣泡圖

交互式蛋白質互作PPI：支持個性化排版，懸浮顯示蛋白質的多項特征信息

吉凱基因的PPI互作網絡圖具有交互式功能，可懸浮顯示蛋白的多項特征信息，并支持刪減蛋白及個性化排版，即使是生信零基礎的用戶也可以玩轉數據啦！

PPI互作網絡圖

蛋白質動態分布范圍圖：展示蛋白含量高低，高低豐度一清二楚

為了幫助研究者了解實驗測到的蛋白質含量高低，吉凱基因提供蛋白質動態分布范圍圖，后續論文寫作時可直接展示此圖，也支持數據返修，讓研究者自定義需要展示感興趣的蛋白質。

蛋白質動態分布范圍圖

多組比較提供韋恩分析：展示多比較組的共有和特有差異蛋白質

venn圖是科研文章中最常見的一種圖，可用來表示多個數據集之間的關系。吉凱基因提供多比較組的Venn分析，以展示各比較組共有和特有的差異蛋白質。

Venn圖

三大

｜高級服務

為滿足臨床科研用戶更多樣化的生物信息分析需求，吉凱基因還提供疾病靶點分析、機制挖掘和多組學趨勢分析等三大高級服務。

疾病靶點分析

（1）DO富集分析

Disease Ontology數據庫是描述基因功能與疾病相關的數據庫，可以幫助研究者更好的理解疾病的異質性和疾病的致病機理。分析結果呈現方式與前述的GO/KEGG傳統富集分析結果呈現形式一致，此處不做贅述。

（2）IPA關鍵詞注釋分析

Ingenuity Pathway Analysis（IPA數據庫）是目前生命科學研究領域最可靠、最全面的功能研究數據庫。吉凱基因購買了商業版的IPA軟件，可以提供IPA關鍵詞注釋服務，幫助快速了解差異蛋白質是否有在目標功能/通路/疾病中被報道過，省去查閱文獻這項工作。

機制挖掘分析

（1） IPA功能模塊分析

除IPA關鍵詞注釋服務外，吉凱基因也提供經典通路分析、疾病和功能分析、上游調控分析、調控效應分析和相互作用網絡分析等5個模塊的IPA分析服務內容，分析結果可直接用于論文中。

經典通路

疾病和功能

調控效應

上游調控

相互作用網絡

（2）WGCNA分析

WGCNA，全稱為weighted gene co-expression network analysis，即加權基因共表達網絡分析。相比只關注差異表達的基因，WGCNA利用數千或近萬個變化最大的基因或全部基因的信息識別感興趣的基因集，并與表型進行顯著性關聯分析。一是充分利用信息，二是把數千個基因與表型的關聯轉換為數個基因集與表型的關聯，免去多重假設檢驗校正的問題，如在肺腺癌蛋白基因組、心梗后心衰、阿爾茲海默病等疾病的高水平研究者均涉及此項分析。

共表達模塊的層級聚類樹圖

模塊間的相關性熱圖

模塊與表型數據相關性分析熱圖

多組趨勢分析

在涉及時間變化、藥物濃度/劑量變化、疾病程度、生長周期等梯度趨勢型實驗設計中，研究者往往更關心實驗變化過程中最具有代表性的基因集以及對應的趨勢特征。吉凱基因可以提供STEM分析和Mfuzz分析兩種趨勢聚類算法，可供研究者選擇。

STEM分析結果示例圖

Mfuzz分析結果示例圖

以上為本次新版蛋白質組學分析報告的最主要的升級看點和內容。我們衷心的希望2022版蛋白質組學報告能夠助力科研用戶輕松走完“科研的最后一公里”。自2022年9月26日起進入生信分析的正價合同（項目進展可查看吉凱推送的項目進展郵件）和新簽的正價合同，即可自動升級為B套系，加量不加價！歡迎訂購吉凱基因蛋白質組學產品，以及推薦給身邊正需要的朋友！

吉凱基因憑借多年在靶標篩選及驗證服務領域的技術積累，建立的標準化、工程化、系統化的GRP平臺，為中國研究型醫生提供科研服務，加快科研成果轉化。其中，多組學平臺包含蛋白質組學平臺和高通量測序平臺：

·蛋白質組學平臺擁有多臺timsTOF Pro、Exploris 480高精度質譜儀，專業領先的Spectronaut Plusar、Mascot等分析軟件，提供專業的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修飾組、olink蛋白質組等檢測服務，強大的機器學習算法、IPA分析、蛋白基因組分析服務，系統的生物標志物、分子分型、藥物靶點、基因功能研究等解決方案，真正讓廣大研究型醫生的科研工作更省心、更省力、更高效；

·高通量測序平臺分為常規測序服務和單細胞測序服務：單細胞測序擁有10x和BD兩個平臺，提供單細胞RNA-seq、單細胞核測序、單細胞混樣RNA-seq、單細胞TCR/BCR、單細胞（RNA+ATAC）、空間轉錄組測序等服務；常規測序服務提供meRIP-seq（m6A/m1A/m7G/m5C 等RNA甲基化修飾測序）、acRIP-seq（ac4C RNA乙酰化修飾測序）、ATAC-seq、Ribo-seq（翻譯組測序）、mRNA/miRNA/LncRNA/circRNA-seq、全轉錄組測序（兩文庫/三文庫）、外泌體miRNA/LncRNA-seq、WGS/WES、WGBS、RRBS、BSAS等服務。