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搞定恒溫擴增分子診斷(RPA/RAA)

2021.6.29


分子診斷技術今日不同以往,著實借力突飛猛進,恒溫擴增技術由于其擴增期間不需要特殊的儀器設備而更受矚目。恒溫擴增方法有多種,今天就回顧RPA/RAA,讓大家一文通俗搞定!


為了確保大家所認知的基本概念是一致的,請先了解以下名詞解釋

  • 重組酶聚合酶擴增技術,RPA, recombinase polymerase amplification

  • 重組酶介導的擴增技術,RAA, recombinase-aidamplification

  • 重組酶,recombinase,同引物形成蛋白-核酸復合物,指導引物與模板結合,起到定位作用;幫助DNA 模板的解鏈和促使模板與引物之間發生鏈替換。

  • 單鏈DNA結合蛋白,SSB, single stranded DNA binding。同置換出來的單鏈DNA結合,防止DAN配對兩條鏈再次結合。

  • DNA聚合酶,DNA polymerase,以DNA為模板,利用dNTP合成子代DNA。

  • 核酸內切酶,endonuclease,可水解分子鏈內部磷酸二酯鍵生成寡核苷酸。

  • Nfo,來源于細菌的核酸內切酶,且更傾向于作用于3′凹末端的雙鏈DNA,參與DNA損傷修復。


RPA和RAA的工作原理

相同點:

  • 3種關鍵酶或蛋白:重組酶、單鏈結合蛋白和DNA聚合酶;
  • 在37℃恒溫下進行核酸快速擴增;

?唯一不同點酶的來源不同,推測主要時因為ZL限制問題。

  • RPA的重組酶來源于T4噬菌體;
  • RAA的重組酶來源于細菌或者真菌。

?

下面以RPA操作原理為主進行系統的應用介紹

RPA工作原理要點:

1、在ATP存在條件下,重組酶與引物結合, 形成蛋白-核酸聚合體,并搜索配對目標;

2、當引物尋找到配對DNA模板,ATP水解供應能量,重組酶離開引物,并在DNA聚合酶的作用下合成新DNA鏈;

3、同時,單鏈DNA結合蛋白(singlestrandedDNA binding, SSB)同被置換出來的DNA單鏈進行結合,防止DNA模板再次形成雙鏈。


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RPA原理圖

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基于RPA方法的探針檢測法

工作原理要點:

1、在RPA系統中,添加特異性探針;
2、探針中引入四氫呋喃修飾位點,四氫呋喃修飾核苷酸在DNA聚合酶作用下,可以幾乎100%效率實現DNA鏈延伸;
3、在四氫呋喃修飾位點的臨近處偶鏈發光基團和淬滅基團;
4、當探針同靶序列結構形成雙鏈DNA,Nfo在巡視過程中遇到四氫呋喃修飾位點則認為DNA出現損傷需要進行修復,故對探針上的該位點進行剪切,從而釋放熒光基團;
5、剪切后的探針,具有游離3‘-OH,所以可以作為引物繼續合成新模板;
6、使用不同的熒光探針,可以實現多重PCR檢測。

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基于RPA開發的探針法


介于RPA方法膠體金層析檢測法

工作原理要點:

1、同樣在RPA系統中,引物5‘端標記生物素;
2、添加探針,探針同樣帶有四氫呋喃修飾位點,5’端帶有熒光基團FAM,3‘端進行修飾,使得無法延伸;
3、當探針同由5‘端帶有生物素標記的引物擴增的靶DNA產物配對時,Nfo切割探針,形成游離3‘-OH,可以作為引物繼續延伸,合成子代靶DNA序列;那么子代靶DNA序列就會同時帶有FAM熒光基團和生物素。
4、膠體金顆粒上標記抗FAM熒光基團的抗體;
5、NC膜上包被 C線為抗FAM的抗抗體;T線為抗生物素抗體,這樣就會在T線去形成抗生物素抗體/生物素-目標靶系列-FAM/抗FAM抗體-膠體金的陽性復合物。

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基于RPA開發的膠體金層析法


?小結

  • RPA/RAA整個反應非常速度,約30min就可以得到結果;

  • 靈敏度可達10copies/ul;

  • 擴增引物長度30-35bp,太短引物會影響特異性、靈敏度和擴增速度;

  • 且擴增期間不需要復雜的儀器;

  • 在此基礎上開發的探針法或膠體金層析法都大大簡化了檢測結果的使用儀器,可以更好的滿足不具備分子檢測條件的基層或者經濟較為落后的地區。


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