1、固定相不同:正相硅膠具有極性基的表面,而反相硅膠是經過改性,表面鍵合烷基鏈(例如 C-18),極性更小,因此對極性化合物有較小的保留。
2、適用的樣品類型不同:由于反相條件下,修飾了硅膠表面的羥基,使其極性降低,使得其適用性變得更加寬廣(相對比反相而言),各類極性的大小分子,天然產物,都可以在反相體系中得到有效分離。
3、流動相不同:正相色譜,因為硅膠表面的硅羥基極性大,極性大的水溶性化合物很難被洗脫下來,只有使用更強極性的溶劑才能成功。在反相色譜中,因為極性化合物和固定相的吸附性較小,因此用較小極性的溶劑,就可以實現比較理想的洗脫效果。