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干貨分享：蛋白組學(xué)原始數(shù)據(jù)如何上傳？
近期有不少客戶咨詢和反饋，說發(fā)文章的時候，蛋白組學(xué)的原始數(shù)據(jù)該如何上傳？上傳到什么平臺呢？
那么今天我們就一起來細數(shù)目前主流的蛋白組學(xué)原始數(shù)據(jù)上傳平臺，并提供具體的上傳路徑供各位老師參考。
? 概述??
我們先說說為什么要上傳蛋白組學(xué)原始數(shù)據(jù)到公共平臺。一是方便學(xué)術(shù)界進行數(shù)據(jù)成果的存儲和共享；二是投稿的時候不需要單獨再上傳海量數(shù)據(jù)給期刊，文章中標(biāo)注在公共平臺的數(shù)據(jù)項目ID就行。因此，選擇一個公認和可靠的數(shù)據(jù)公共平臺是非常有必要的。
目前，最主流的蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)公共平臺是?ProteomeXchange，是European Molecular Biology Laboratory（EMBL）旗下的一個專門儲存蛋白組數(shù)據(jù)的公共平臺，也是目前收錄蛋白組數(shù)據(jù)集最多的平臺。同時，為了國際間蛋白組數(shù)據(jù)的更好共享，ProteomeXchange?聯(lián)盟吸納了全球多個蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)存儲和共享平臺（圖1），目前包括：PRIDE（EMBL-EBI，劍橋，英國），PeptideAtlas（ISB，西雅圖，華盛頓州，美國），MassIVE（UCSD，圣地亞哥，加利福尼亞州，美國），jPOST（多機構(gòu)，日本），iProX（國家蛋白質(zhì)科學(xué)中心，北京，中國）和?Panorama Public（華盛頓大學(xué)，西雅圖，華盛頓州，美國）”。
圖1. ProteomeXchange 聯(lián)盟成員全球分布圖
那么，這么多數(shù)據(jù)公共平臺該如何選擇呢？
目前國際上用的比較多的是 PRIDE。但近年來大家都知道如果涉及人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)是不允許上傳到國外平臺的，那么 iProX 則是國內(nèi)學(xué)者最好的選擇。iProX 是中國的綜合性蛋白質(zhì)組資源中心，提交系統(tǒng)是在 ProteomeXchange 聯(lián)盟制定的數(shù)據(jù)共享政策的指導(dǎo)下建立的，因此國際上也是非常認可的。我們從下圖 iProX 網(wǎng)站的統(tǒng)計數(shù)據(jù)可以看到目前平臺收錄的數(shù)據(jù)集已經(jīng)比較多了。同時，iProX 網(wǎng)站可進行中英文雙語切換，加上服務(wù)器在國內(nèi)，上傳速度比較快，非常適合國內(nèi)學(xué)者。接下來我們一起看下利用 iProX 進行蛋白組原始數(shù)據(jù)提交的詳細流程。
圖2. iProX 網(wǎng)站主頁界面
?iProx 數(shù)據(jù)提交流程?
Step.1
注冊賬號并創(chuàng)建項目
注冊賬號并通過郵件激活后，我們可以
圖3. iProX 網(wǎng)頁主菜單界面
Step.2
項目信息填寫
進入創(chuàng)建項目窗口后，根據(jù)指引填寫項目相關(guān)信息。這里有一個需要注意的地方是，訪問權(quán)限的下拉菜單可以選擇三種方式。
Public：即刻就公開；
To be public：自定義公開的時間；
Private：暫不公開。
不過，當(dāng)你的文章發(fā)表后，該項目的數(shù)據(jù)會自動面向公眾發(fā)布。
圖4. iProX 網(wǎng)頁中數(shù)據(jù)公開形式的選擇界面
Step.3
子項目信息填寫
子項目信息填寫的內(nèi)容主要針對具體蛋白組學(xué)實驗中的一些信息，如物種類型、組織類型、疾病類型、定量方法、使用的質(zhì)譜儀器等。這里按照項目的實際情況填寫就可以。
Step.4
數(shù)據(jù)上傳和提交
（1）iProX目前提供兩種數(shù)據(jù)提交的形式：Complete submission（完整提交）和Partial submission (部分提交）。Complete submission對提交的數(shù)據(jù)格式有要求，Partial submission則適合所有的數(shù)據(jù)上傳，不過Partial submission由于數(shù)據(jù)格式的問題會明顯降低數(shù)據(jù)的可見度和重復(fù)利用度。
表1. iProX 數(shù)據(jù)提交方式和文件格式要求
數(shù)據(jù)提交形式
文件類型
文件格式
Complete submission
RESULT
prideXML、mzldentML（需要有對應(yīng)的 PEAK 文件）
RAW
質(zhì)譜儀產(chǎn)出的原始文件
Partial submission
SEARCH
搜索得到的結(jié)果文件
RAW
質(zhì)譜儀器產(chǎn)生的原始文件
說明：如果選擇?Complete submission，RESULT 文件中必須有 prideXML 或 mzldentML 中的一種，并且如果是 mzldentML 文件還需要有對應(yīng)的 PEAK 文件。
（2）iProX上傳的方式有網(wǎng)頁上傳（Uploud by Browse）和Aspera插件上傳（Upload by Aspera）兩種。網(wǎng)頁上傳文件大小不能超過4Gb，因此更多的情況下都是通過 Aspera 上傳數(shù)據(jù)文件。
選擇好數(shù)據(jù)提交的形式和上傳方式后，
圖5. iProX 數(shù)據(jù)上傳界面
Step.5
附件信息
表2. ProteomeXchange 資源的提交指南摘要以及所涉及的提交類型
如果想進一步了解或使用相關(guān)數(shù)據(jù)庫平臺，可以訪問相關(guān)網(wǎng)站：
iProX:?http://www.iprox.org/；
ProteomeXchange:?http://www.proteomexchange.org；
PRIDE:?http://www.ebi.ac.uk/pride；
PeptideAtlas:?http://www.peptideatlas.org/；
PASSEL:?http://www.peptideatlas.org/passel/；
MassIVE:?https://massive.ucsd.edu/；
jPOST:?https://jpostdb.org/；
Panorama Public:?https://panoramaweb.org/public.url。
整體來說，蛋白組學(xué)原始數(shù)據(jù)上傳還是很便捷的。感謝這些平臺給大家提供了這樣的數(shù)據(jù)存儲和交流的方式。
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