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生信小工具 | KEGG富集分析
KEGG富集分析
富集分析是將代謝物根據(jù)已知的信息進行分類的過程，目前常見的富集分析主要為KEGG富集分析以及GO富集分析。
對于代謝物而言，KEGG富集分析可以更好的展示代謝物與代謝通路之間的聯(lián)系。常見的可視化形式主要為以下兩種：KEGG柱狀圖、KEGG氣泡圖。
因KEGG柱狀圖僅能展示富集的條目與p值，而氣泡圖則可以展示富集條目與p值以及代謝物數(shù)據(jù)這三者的聯(lián)系，因此更多的文獻都是選擇以氣泡圖這種可視化形式來展示富集結(jié)果。所以本次就以氣泡圖的可視化作為此次分享內(nèi)容。
R包安裝：ggplot2
構(gòu)建KEGG富集分析數(shù)據(jù)框
設(shè)置橫縱軸以及數(shù)據(jù)在圖中展示形式
將富集條目KEGGPathway作為x軸，ration作為y軸，Pvalue作為顏色輸入，并選擇散點作為展示形式，以代謝物個數(shù)設(shè)置為散點大小。
添加邊框
添加四周邊框，color為邊框顏色
顏色設(shè)置
設(shè)置顏色，越顯著顏色越紅，越不顯著顏色越藍
對x軸、y軸等進行命名
使用labs進行設(shè)置x，y軸等名稱標簽
對x軸，y軸進行轉(zhuǎn)換
將x軸與y軸對調(diào)
注：橫坐標表示每個通路對應(yīng)的Rich factor，縱坐標為通路名稱，點的顏色為P-Value，越紅表示富集越顯著。點的大小代表富集到的差異代謝物的個數(shù)多少。
至此，我們就可以自行畫氣泡圖，或者也可以利用我們公司的云平臺工具直接畫氣泡圖，下一期我們將分享R語言熱圖繪制，敬請期待~
直播預(yù)告
如何篩選入組樣本？
如何設(shè)計完整的發(fā)現(xiàn)-驗證實驗？
如何處理高維且復(fù)雜的代謝組數(shù)據(jù)？
如何篩選最關(guān)鍵的代謝標志物？
如何評估標志物的診斷效能？
機會來了！和作者面對面，聆聽文章背后的故事之《跟著NC作者一起學(xué)習(xí)腸道菌群研究思路》系列直播經(jīng)一個多月的打磨終于要在下周二跟大家見面了。誠邀我們的客戶上海中醫(yī)藥大學(xué)協(xié)同創(chuàng)新中心副研究員王睿瑞老師領(lǐng)銜授課，邁維代謝高級產(chǎn)品經(jīng)理&資深生信研發(fā)工程師齊齊加盟，為您的腸道菌群研究答疑解惑，保駕護航！
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