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網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué) | 利用SwissTargetPrediction進行成分靶點預(yù)測
上期關(guān)于利用TCMSP數(shù)據(jù)庫獲取我們想要的信息介紹完了，本期我們一起來看下如何利用其他數(shù)據(jù)庫獲取成分靶點信息。
使用的網(wǎng)站：
SwissTargetPrediction（http://www.swisstargetprediction.ch/）
SwissTargetPrediction基于與已知化合物的二維和三維結(jié)構(gòu)的相似性來預(yù)測化合物的靶標(biāo)。
依然以三七為例：
經(jīng)過OB≥30，DL≥0.18條件篩選之后，得到8個物質(zhì)，以這8個物質(zhì)為主要來進行預(yù)測；
①首先在TCMSP網(wǎng)站上獲取這8個物質(zhì)的InChIKey信息
②通過獲得的InChIKey信息進入pubchem網(wǎng)站中獲取SMILES信息；
③獲得該信息后，進入SwissTargetPrediction網(wǎng)站獲得預(yù)測結(jié)果；
④下載完成之后，針對所得到的結(jié)果進行篩選，以“Probability*”參數(shù)進行篩選；
⑤最終匯總所有關(guān)注的成分預(yù)測出的靶點。
Tips：
在pubchem上獲得物質(zhì)的SMILES信息可以通過多種檢索方式（物種的英文名稱、CAS號、分子量等），優(yōu)先使用InChIKey信息進行檢索。
由此方式獲得的靶點可以與在TCMSP網(wǎng)站中的內(nèi)容進行整合，最終獲得成分的所有可能性靶點用于進一步分析。
本期關(guān)于利用swisstargetprediction來進行成分靶點的預(yù)測介紹到這邊就結(jié)束了，下期我們再一起來看下如何利用疾病來進行相關(guān)靶點的預(yù)測。
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