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布魯克新品發(fā)布@USHUPO

2023.3.10

　　#摘要#

　　應(yīng)用在免疫肽組學(xué)的PaSER? Novor，具有更快速、實(shí)時(shí)從頭測(cè)序的特點(diǎn)

　　使用PaSER 2023b蛋白質(zhì)組學(xué)軟件實(shí)現(xiàn)無需構(gòu)建譜圖庫(kù)的dia-PASEF數(shù)據(jù)分析（Library-free dia-PASEF?）

　　與Mass Dynamics合作, 實(shí)現(xiàn)4D-Proteomics?知識(shí)可視化

　　2023年3月6日美國(guó)伊利諾斯州芝加哥 —— 布魯克公司（納斯達(dá)克股票代碼：BRKR）在美國(guó)HUPO會(huì)議上宣布為基于timsTOF平臺(tái)的4D-蛋白質(zhì)組學(xué)推出十分重要的生物信息學(xué)工具：

　　與Rapid Novor公司合作開發(fā)了一種新型從頭測(cè)序算法，使用超過170萬個(gè)PASEF數(shù)據(jù)點(diǎn)來提高實(shí)時(shí)免疫肽組學(xué)分析的準(zhǔn)確性和速度。timsTOF SCP系統(tǒng)無與倫比的靈敏度與新的PaSER Novor算法相結(jié)合帶來免疫肽組學(xué)分析性能的全面提升，尤其是針對(duì)微量腫瘤活檢樣本；

　　用譜圖庫(kù)非依賴（Library-free）的TIMS DIA-NN軟件進(jìn)行dia-PASEF數(shù)據(jù)分析進(jìn)一步提高了定量的準(zhǔn)確性；

　　Mass Dynamics圖形可視化和統(tǒng)計(jì)云軟件與4D-Proteomics的dia-PASEF數(shù)據(jù)可實(shí)現(xiàn)無縫集成。

　　A. 應(yīng)用于免疫肽測(cè)序的PaSER Novor

　　憑借PaSER Novor，布魯克推出在免疫肽組學(xué)分析的高級(jí)功能，它是由布魯克與Rapid Novor（快序生物，一家加拿大軟件和提供抗體測(cè)序服務(wù)的CRO公司）合作開發(fā)完成的。

　　免疫肽組學(xué)在timsTOF SCP超高靈敏度平臺(tái)上對(duì)微量腫瘤活檢樣品中非蛋白水解肽進(jìn)行測(cè)序。基于蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)算法可能由于搜索空間太大導(dǎo)致無法進(jìn)行精確搜索，造成重復(fù)性低和搜索時(shí)間長(zhǎng)等問題。PaSER Novor使用基于GPU的布魯克PaSER蛋白質(zhì)組學(xué)軟件平臺(tái)，在訓(xùn)練了超過170萬個(gè)timsTOF數(shù)據(jù)點(diǎn)后，可以直接從碎片離子譜圖中從頭測(cè)序獲得多肽序列，從而得到實(shí)時(shí)結(jié)果。

　　莫納什大學(xué)（Monash University）免疫蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)室主任Tony Purcell教授說："從頭測(cè)序分析是我實(shí)驗(yàn)室多年來研究的一個(gè)重要方面。這種新的算法在實(shí)時(shí)采集數(shù)據(jù)條件下，以更快的速度提供準(zhǔn)確的結(jié)果，實(shí)現(xiàn)了大規(guī)模和實(shí)時(shí)的免疫肽組學(xué)分析。這對(duì)我的團(tuán)隊(duì)如何快速地將科學(xué)研究向臨床轉(zhuǎn)化具有重要意義，這一工作流程提供的檢測(cè)結(jié)果也會(huì)對(duì)臨床患者產(chǎn)生深遠(yuǎn)影響。”

　　圖：A 9-mer peptide sequenced by PaSER Novor

　　圖：timsTOF SCP ultra-high sensitivity MS

　　B. TIMS-DIA-NN 2.0 實(shí)現(xiàn)譜圖庫(kù)非依賴的dia-PASEF分析

　　TIMS DIA-NN是以CCS為中心的DIA–NN [1] 新版本，與之前版本相比具有顯著的改進(jìn)。TIMS DIA-NN 2.0通過新的機(jī)器學(xué)習(xí)，可以實(shí)現(xiàn)library-free dia-PASEF數(shù)據(jù)分析流程，并進(jìn)一步提高定量準(zhǔn)確性。加州大學(xué)戴維斯分校蛋白質(zhì)組學(xué)核心實(shí)驗(yàn)室主任Brett Phinney博士評(píng)論道：“蛋白質(zhì)組學(xué)已經(jīng)取得了長(zhǎng)足的進(jìn)步，但色譜和數(shù)據(jù)分析具有與質(zhì)譜儀相同的重要性。大隊(duì)列樣本分析時(shí)穩(wěn)定的色譜系統(tǒng)，與DDA和DIA的實(shí)時(shí)搜索相結(jié)合，使我的實(shí)驗(yàn)室效率達(dá)到了更高的水平，而這只有通過TIMS DIA-NN的library-free搜索功能才能達(dá)到更好的結(jié)果。”

　　C. Mass Dynamics對(duì)4D-Proteomics的大規(guī)模圖形知識(shí)可視化

　　通過與澳大利亞Mass Dynamics軟件公司的聯(lián)合創(chuàng)始人、WEHI公司的Andrew Webb教授合作，布魯克timsTOF 4D-Proteomics通過Mass Dynamics的統(tǒng)計(jì)分析、交互式和可視化技術(shù)，可以直觀地提取蛋白質(zhì)組學(xué)信息。除了蛋白質(zhì)列表、火山圖、蛋白質(zhì)相互作用圖、PCA圖，其它一系列可視化視圖都有助于研究者們了解生物學(xué)過程和疾病機(jī)理。

　　Mass Dynamics聯(lián)合創(chuàng)始人兼首席執(zhí)行官Paula Burton表示：“PaSER的實(shí)時(shí)搜索功能和Mass Dynamics的發(fā)現(xiàn)服務(wù)相輔相成，形成強(qiáng)大的聯(lián)盟。科學(xué)家們現(xiàn)在可以專注于生物學(xué)問題，借助蛋白質(zhì)組學(xué)來尋求答案。”

　　布魯克生命科學(xué)質(zhì)譜生物信息學(xué)總監(jiān)Dennis Trede博士評(píng)論道："我們很高興與Rapid Novor和Mass Dynamics的合作。本次合作將為蛋白質(zhì)組學(xué)的發(fā)展帶來意義非凡的影響。Rapid Novor與超高靈敏度timsTOF SCP相結(jié)合，現(xiàn)在可在活檢小腫瘤樣本中獲得大規(guī)模的免疫肽組學(xué)數(shù)據(jù)。在美國(guó)HUPO發(fā)布的所有布魯克軟件解決方案適用于所有型號(hào)timsTOF平臺(tái)：timsTOF Pro 2、timsTOF HT、timsTOF SCP和timsTOF fleX。在國(guó)際HUPO坎昆會(huì)議上發(fā)布的Biognosys Spectronaut? 17軟件擁有全新的Direct DIA+功能，且完全支持timsTOF平臺(tái)上的dia-PASEF數(shù)據(jù)。”