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安捷倫科技（中國）有限公司
| 產地類別：進口 | 供應商性質：一般經銷商 |
GeneRead DNA FFPE Kit 試劑盒從FFPE組織樣本中高效純化基因組DNA，適合用于NGS分析
采用優化的裂解液，可從FFPE樣品中高效回收gDNA
酶促反應去除胞嘧啶脫氨產物
最大限度減少假陽性SNP檢出風險
在DNA測序應用中獲得出色結果
可在QIAcube全自動核酸純化儀上自動運行
GeneRead DNA FFPE Kit采用基于硅膠模離心柱的優化實驗方案，能夠從福爾馬林固定、石蠟包埋（FFPE）組織樣本中純化出高品質基因組DNA。由于胞嘧啶的脫氨作用所導致的C>T人為突變現象在二代測序技術中影響很大。此類人為突變由福爾馬林固定以及樣本老化所引發，會導致測序結果產生偏差。GeneRead FFPE純化步驟中引入了酶促處理，能夠消除此類人為突變，從而保證了基因組DNA的產量高、純度好，特別適用于二代測序應用。
性能
從有限的起始材料中獲得高產率
由于文庫制備和測序技術的不斷進步，對生物樣本庫內大量的FFPE組織樣本實施高通量測序逐漸成為可能，這無疑吸引了研究者的目光。這些測序技術同時也降低了可靠檢測測序突變的頻度閾值。不過，對FFPE樣本進行測序還是存在多種挑戰。FFPE樣本的DNA產率可能受到DNA損傷的影響。此外，這些樣本通常具有不可替代性，因此需要從最少量的起始材料中獲取最多的核酸樣本量。除了DNA產率的考慮之外，人為突變對FFPE樣本測序的影響在起始樣本量有限的情況下也會變得更為嚴重，此時錯誤突變的頻率也會相應增加。相比標準的FFPE DNA分離方案，GeneRead DNA FFPE Kit能夠為小樣本（1 x 10 μm切片樣本）提供更高產量的雙鏈DNA。GeneRead DNA FFPE Kit與另一供應商的同類試劑盒相比，可獲得高達4倍的雙鏈DNA產率。
有效減少人為的C>T|G>A轉換
由福爾馬林固定和儲存所致的DNA損傷主要以隨機形式發生，因此序列上的突變位置不同。只有少數基因組拷貝上發生了全局性的破壞，因此這些人為突變的發生頻率通常較低。而低頻度的新突變可能攜帶有十分重要的信息（例如在癌癥分析中），因此很有必要在低頻突變中區分真實突變與人為突變。GeneRead DNA FFPE方案通過考查樣本的新低頻突變，可對人為突變的數目以及清除效率進行測定。GeneRead DNA FFPE Kit極大降低了低頻C>T|G>A轉換，同時有效保留了真實突變。
最大限度減少假陽性突變的風險
在癌癥相關的SNP分析過程中，去除C>T|G>A的人為突變顯得尤為重要。脫氨作用多為隨機發生，如這些人為突變未經有效清除，可能被解釋為具有癌癥相關性的突變，進而成為假陽性結果。GeneRead DNA FFPE Kit去除人為突變，從而使假陽性風險降至最低。
原理
從FFPE組織為二代測序制備DNA還有幾個挑戰。由于樣品稀缺和DNA可能存在受損狀況，DNA產量通常較為有限。此外，從有限材料開始的測序過程，往往存在由于固定和包埋條件以及長期儲存而產生的人為突變。這之中的一個特殊問題是，胞嘧啶堿基脫氨變成脫氧尿嘧啶，從而導致在測序反應中出現C-T轉變。此現象的確切機制尚未可知，可能的解釋是胞嘧啶的脫氨作用導致在該位置產生了尿嘧啶，后者會與腺嘌呤配對。在測序過程中，這一改變隨后會按照C>T轉換后的結果讀取。如果在文庫構建過程中鏈信息未能保留，則兩條鏈都會被測序，這時此人為突變可能顯示為C>T或G>A轉換。很有必要去除這些人為突變，特別是對于癌癥樣本的測序分析而言，因為這些干擾在此類樣本中會被檢測為假陽性。當進行FFPE樣本測序時，由于起始原料有限而假陽性基因突變的相對頻率增加，避免人為突變至關重要。
GeneRead DNA FFPE Kit提供了一種從少量FFPE組織切片高效純化高產率DNA的高效流程。此外，該流程包含去除脫氨基胞嘧啶的步驟，可避免DNA測序出現假陽性結果。
操作流程
在結合QIAamp MinElute柱之前進行脫蠟并對DNA樣品的甲醛解交聯。加熱除去交聯后，DNA就可以通過尿嘧啶DNA糖苷酶特異地去除脫氨基胞嘧啶殘基。優化的反應混合物提供了適宜的反應條件，使UNG能從FFPE樣品的DNA中特異性去除人為導致的尿嘧啶。DNA結合到離心柱之后，經由Buffer AW1、Buffer AW2和乙醇洗去殘留的雜質（比如鹽）。殘留的乙醇可能干擾隨后的酶促反應，需另外由離心步驟徹底去除。DNA洗脫后可直接用于二代測序，也可在–20℃下儲存。
GeneRead FFPE DNA kit也可在QIAcube全自動核酸純化儀上自動運行。
應用
GeneRead DNA FFPE Kit可有效減少胞嘧啶脫氨人為突變，從FFPE樣品中純化出可直接供二代測序使用的DNA。
GeneRead DNA FFPE Kit 試劑盒
GeneRead DNA FFPE Kit 試劑盒由北京布拉德科技發展有限公司為您提供，如您想了解更多關于GeneRead DNA FFPE Kit 試劑盒 報價、型號、參數等信息，歡迎來電或留言咨詢。
注：該產品未在中華人民共和國食品藥品監督管理部門申請醫療器械注冊和備案，不可用于臨床診斷或治療等相關用途。
